科学的核心
除了自己的研究计划,我们的一些核心群体提供一系列的科学服务研究中心本身群体,在牛津部门的其他大学和其他机构。此外,该中心还提供了许多的数据库和应用软件可以免费使用。
有关特定核心组的更多信息,请参见旁边或下面的链接。
高通量基因组学
牛津基因组中心提供:
利用许多最新的商业技术平台提供全面的基因组学应用程序。
- 高通量测序(Illumina公司NovaSeq,HiSeq4000,HiSeq2500,NextSeq和MiSeq,ONT奴才,PromethION)
- 基因分型和甲基化研究(Illumina公司,Affymetrix公司)
- 表达谱(Illumina公司,Affymetrix公司)
- 单细胞分离和分析(10X基因组学,索尼FACS)
- 高度自动化的过程(Labcyte, Wafergen和Beckman)
- LIMS样品追踪
生物信息学和统计遗传学
BSG提供了以下几个方面的建议和支持:
- 实验设计建议
- NGS数据(Illumina和ONT)和微阵列的处理和分析管道
- 确保高质量的数据,并提供QC报告
- 广泛的信息学支持跟踪,处理和管理大量的原始序列数据
- 对使用各种生物信息学工具和分析的培训和咨询
- 与研究小组合作进行下游分析
- 开发软件工具,以帮助科学家组学数据集的分析
- 从尖端的技术和方法(例如单细胞)的试验评价数据
- 与稿件准备和提交数据到公共仓库援助
染色体动力学
染色体动力学提供:
- 多种不同的荧光原位杂交(FISH)应用
- 相关组织培养技术
- 探针制备
- 支持细胞学技术,包括免疫荧光和显色RNA原位杂交(ISH)
细胞成像
细胞成像提供:
- 先进的荧光显微镜和光谱学实验室,在数字成像和定量显微镜应用于活细胞的技术援助。
- 该细胞成像核心进行研究和前沿荧光显微镜技术的发展。寿命成像,荧光相关光谱和超分辨率显微镜方法可用。
- 该细胞成像的核心也传播的荧光光谱应用知识,科学界。
转基因
转基因提供:
- 转基因小鼠模型的生成
- 在胚胎干细胞基因打靶
- 敲除和基因敲除在结构设计
- 代Rosa26敲入小鼠
- 株胚胎移植导入到FGF
- 冷冻保存的菌株
- 辅助生殖
生物医学研究计算
生物医学研究计算提供:
- 用于跨WHG和BDI的高性能计算的本地设施
- 高性能批次(集群)计算:Univa公司的网格引擎拥有近7000个CPU核心和GPU 60卡
- 正确编译和安装科学应用程序的广泛套件>300的共享使用
- 大型、快速存储系统:10PB的频谱规模(GPFS),最高可达50GB/s
- 牛津大学的只有内部部署云平台:OpenStack的平台,1200个CPU核心和GPU 40卡支持通过300TB NVMe头孢高达80GB / s的
- 存储的廉价层用于保存旧数据:每6个月目前(2019年1月)£10.60每TB
- 先进的网络,包括使用积云的100Gbit/s开放以太网,EDR (100Gbit/s) InfiniBand和WHG与BDI之间的私人400Gbit/s链接
- 牛津大学的只有高遵守安全VDI /云平台
- 用于OpenStack、oVirt和S3对象存储的测试和开发平台
- 使用这些设施的培训和研讨会
它。
它。提供:
- 网络基础设施和服务器托管
- 电子邮件服务
- 网络打印
- 共享网络存储、数据存档、备份和文件恢复
- 安全的虚拟主机
- 远程访问设施(拨号、ISDN、VPN和Windows应用服务器)
- 网络、服务器和工作站安全
- 最终用户支持