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在上世纪90年代初,随着人类基因组计划正在展开,医学前纳菲尔德教授,约翰•贝尔(现为雷吉厄斯教授约翰·贝尔爵士),成功向维康信托基金申请资助,成立该中心。它于1994年开放,是首批在黑丁顿丘吉尔医院建立的生物医学研究实验室之一。贝尔教授从位于巴黎的人类多态性研究先锋中心招募了马克·拉斯罗普作为其联合创始人和科学主任。

在莱思罗普教授回到巴黎在1998年,神经遗传学家教授安东尼·摩纳哥他接管了该中心,扩大了疾病生物学基础的研究,并将该中心的工作人员增加了一倍。1999年,该中心搬到了自己专门建造的价值2700万英镑的场所——亨利•韦尔科姆基因组医学大楼(Henry Wellcome Building of Genomic Medicine)。

教授彼得·唐纳利是从2007年中心直到2018年的董事。他在发展和提取来自于现代遗传学研究产生的大数据集的信息统计方法应用国际领导人之一。在他领导下的实验室已经扩展以适应该中心的研究工作的继续扩大。2010年伊冯娜·琼斯,在结构生物学部(STRUBI)的联合负责人,成为WTCHG副主任。在2019年约翰·托德,精密医学和糖尿病的导演和炎症实验室的教授被任命为WHG主任。